由於南明的歷史主要是由一些南方的文人記載，他們或者在兩廣、湖廣或者在江南記載了大量的當地百姓抗清事跡，其實在北方百姓抗清的烈火也從未停止。首先原先在大順軍統治之下已經重新回家務農的百姓因為清軍的到來以及壓迫憤而重新反抗，其次曾經勾結清軍進攻大順軍的一部分地主也因為滿清的剃發令，以及重視遼東漢人輕視關內漢人的歧視政策之下開始反抗。
“這些養不熟的白眼狼！給我都把他們殺了！”在攝政王府之中，門外的仆人瑟瑟發抖的聽著屋裡攝政王多爾袞的咆哮聲，這幾天因為一些小事已經被攝政王殺了不少同伴了。
在大廳之內只見多爾袞被氣的面色通紅，此時他的兄弟多鐸以及心腹譚泰、冷僧機等都在屋內，作為滿人中少有的文化人祁充格、剛林也列席其中，此時他們在這裡是商議南方的戰事但是又收到了密報，京師內降臣意圖謀反。
多爾袞也沒想到原本從入關以來一切順利的局面怎麽突然從今年開始變了樣，本來他剛剛通過聯合手下剝奪了濟爾哈朗的輔政資格，自己大權獨攬正在得意卻突然接到了廣東李成棟、佟養甲被殺的消息，這還沒過幾個月呢又收到了鄖陽王光恩反叛、孔有德戰死的消息。
其實此時江西金聲桓反正的消息與明軍收復常德、長沙等地的消息還在八百裡加急趕來的路上，多爾袞要是知道了更得氣死。不過此時他被京師降臣造反的消息給震驚，因為這些在他印象裡貪財膽小毫無本事的前朝勳貴們居然偷偷的串聯起來意圖謀反。
面對多爾袞的憤怒，其他人也紛紛附和並提議將京師內所有的明朝前勳貴一律處死，不過祁充格作為剛被任命的《明史》編撰官卻有不同意見。
只見他起身向多爾袞行禮說道“王爺，奴才認為謀反之輩畢竟是少數，不可興大獄不然的話，其他之人必定兔死狐悲。奴才認為隻處死那些確定無誤參與謀反的逆賊就可以了。”
多爾袞經過一番發泄之後情緒也逐漸穩定了下來，他本來政治能力就不低被祁充格這麽一勸當即也明白了不可牽連過廣的原因。說到底還是滿洲本部人口太少總共壯丁才六萬余人加上蒙古各部以及遼東漢軍八旗也不過二十萬人，而中國是如此之大這點人口如果不依靠關內漢人根本沒法有效統治。
於是多爾袞想了一番之後，說道“譚泰你與蘇克薩哈一起前往抓捕這些逆賊以及他們的黨羽，其他人不要過多牽連。”
“嗻！奴才遵命！”
永歷元年六月也就是順治四年六月，在滿清的京師內一場針對弘光舊臣的抓捕行動開始了，包括常遇春後人襄衛伯常應俊在內，河南總兵李際遇、馬儒齊、黃明先、丁啟光（丁啟睿之弟），副將王士永、夏五嶽、賈應逵、駱和蕭、劉方侯，參將喬松，遊擊滕和齊、於起范、弘光朝掌錦衣衛事馮可宗、傅有功，都司馬崇臣、衛士龍，守備李豪、張嵩，閑散官丁啟睿（原明崇禎朝總督）等人全部被抓獲，隨後他們的家人以及兄弟等也都被捕入獄。
原來這些人全部都是河南人或者在河南當過官，他們與出身河南的福王也就是後來的弘光帝關系深厚，後來在清軍進入河南的時候選擇了投靠清軍。
但是後來因為不被信任而被軟禁在了京師，弘光帝朱由崧被多爾袞卸磨殺驢之後，他們心中驚恐不安開始利用京城之中的著名道士王道士為紐帶暗中串聯，可是沒想到王道士手下的一個小道童貪圖富貴就把師父與這些人聯絡的事情告發，多爾袞這才發現在自己眼皮子底下居然串聯了這麽多人。
很快這些人便在清軍的嚴刑拷打之下招供，多爾袞當即下令把他們押往菜市口斬首示眾以震懾降臣，不過殺戮並不能震懾人心，在距京師不遠的山東造反愈演愈烈。
原本山東在大順軍統治之下已經一片太平景象，但是清軍入關之後當地的鄉紳官員勾結清軍顛覆了當地的大順軍政權，隨後濟王、衡王等明朝藩王紛紛覥顏降清卻都被清軍處死。
而山東的老百姓卻紛紛起來反抗清軍的暴政，例如武定府（惠民縣）百姓起義連續攻破沾化、陽信、海豐等地，冠縣裴守政、劉絲桐起義，高唐州（高唐縣）有蔡乃憨、周桂軒、崔三棱等起義，於順治三年十月攻破州城，夏津縣有宋鴨蛋、陳國造、三帽簷子的反清鬥爭。
用清朝當地官員的話來說就是“逆黨數萬肆毒於齊魯之地，陷城劫庫，害及道臣，賊勢已成燎原矣。”這其中最為有名則是榆園軍與謝遷起義。
榆園軍主要活動在山東與河南交界之處的濮州、范縣一帶，由於當地有許多榆樹形成了茂密的榆樹林，當地的百姓用茂密的榆林作掩護，還創造了地道戰術，在地下挖掘縱橫交錯的通道，長達數百裡，神出鬼沒地襲擊官軍。
原本他們是反抗明軍的壓迫，但是滿清入關之後他們發現清軍比明軍更加殘暴，於是再度起義參加的人數也越來越多逐漸蔓延到朝城、觀城、鄆城、城武等縣，聲勢頗為浩大。
而謝遷起義則爆發在現在的山東淄博一帶，謝遷是山東高苑人（高青縣），因為不滿清朝的壓迫在順治三年十一月（1646年11月，朱由榔那時候還在肇慶呢）與數千農民突然起義襲擊了縣城將知縣武振華處死，然後南下攻破新城縣（桓台）轉而向西南攻破了長山縣（鄒平長山鎮），處死知縣周茂臣，在清軍到來之前又連夜轉移跳出了包圍圈。
“元帥，今日我等攻克了淄川縣，聽說大漢奸孫之獬全家都在城中，可不能讓他跑了！”在多爾袞大發雷霆的當天，謝遷的義軍卻趕到了淄川縣（淄博淄川區）並在城中百姓的配合之下一舉攻破了淄川城，義軍口中的孫之獬便是向多爾袞提議命漢人剃發易服的大漢奸。
他原本是進士出身，因為是魏忠賢“閹黨”所以被崇禎帝罷免永不敘用，清軍入關之後他急忙趕往北京求取官職為了獲得多爾袞的歡心特意剃發易服。但是當時的滿漢官員全部鄙視他的人品，不肯與他同朝稱臣，他惱羞成怒之下直接上書多爾袞說只有剃發易服才能安全壓製漢人的抵抗。
多爾袞對他的上書加以采用之後也給他任命了官職，沒想到他上任沒多久就被揭發貪汙受賄被多爾袞一怒之下罷官歸鄉回到了淄川老家。
此時他們全家都在淄川城中被義軍抓獲，他們面臨的將是百姓的怒火與義軍殘酷的懲罰，回到現在謝遷聽說已經抓住孫之獬之後，隨即下令“來人隨我前去這個狗賊家裡給他種發！”
隨著謝遷一聲令下，大漢奸孫之獬被五花大綁的押出家中，他的家人也被押了出來，隨後謝遷召集百姓大聲喊道“大家被迫剃發死了也沒臉去見祖宗都是這個狗賊向韃子上書所致，如今大家有仇報仇，有怨報怨，不過不能讓這個狗賊死的太痛快了！我建議大家拿錐子刺他的頭然後給他種上豬毛以當頭髮，畢竟這狗賊豬狗不如！”
圍觀的百姓們紛紛叫好“好！說得好！給他種發！”隨即有人取出早就準備好的錐子，這裡說明一下這裡的錐子並不是雕刻用的那種錐子還是縫製衣服穿孔用的錐子，類似於一種比較粗的針，刺人很痛但不會死。
百姓們人人上前拿錐子去刺孫之獬然後拿出豬毛扎進刺出的小孔裡，孫之獬疼的大聲喊叫眾人卻大笑。孫之獬知道他們萬萬不可能饒過自己，於是開始大事怒罵希望能激怒謝遷讓他把自己早點殺死。
“你罵我想讓我早點殺你，對不對？我偏不如你願，來人給我把他的嘴縫起來，我看他還怎麽罵人？”隨之謝遷一聲令下，眾人很快用針線將孫之獬的嘴縫了起來，一時間鮮血淋漓。
等大家的怒火發泄的差不多了，謝遷又下令道“來人將這老賊的兒子、孫子、曾孫按順序押到他面前來，當他面處死！”
被縫住了嘴又渾身插滿豬毛的孫之獬聽到要處死他的兒孫不由淚流滿面卻只能發出沒有意義的聲音說不出一句話來，想必此時他一定會後悔當年提議“剃發易服”，因為他的建議黃河上下、大江南北死去的百姓又何止百萬、千萬！
謝遷只是因為孫之獬無恥才如此折磨他，他的兒孫卻都被一刀殺死並未多做折磨，在殺完孫之獬的兒孫之後，謝遷下令道“來人，將這老賊凌遲處死！”
孫之獬就這樣結束了投機又可恥的一生，生在齊魯大地，孔孟之鄉，禮義廉恥應該是多麽的重要。如果全然不顧及此，那麽必然會因此貽害子孫。
他被凌遲處死之後，他的肉被周圍的百姓紛紛搶到了手裡，有人拿回去喂狗，有人直接生吞這就是書上說的“恨不能食其肉寢其皮”吧。
中國的老百姓是善良的，但是他們也最痛恨這種忘了祖宗的漢奸，從秦檜到孫之獬再到後來的汪精衛這些漢奸們無一不遺臭萬年。
  後來孫之獬的死訊傳到北京，多爾袞、順治與大臣們經過討論之後卻認為孫之獬是貪汙受賄被罷免官職所以不予追贈也沒有任何撫恤，這就是狗漢奸的下場吧連主人都看不起他們，當然這是後話了。