路易.查理為了保證近衛師對其他法軍的武器壓製，避免共和派將領獲得威力強大的新式武器後帶領軍隊反抗自己。在近衛師換裝完畢後，就下令暫停生產M1973式後膛擊發步槍，對多生產的近5萬支步槍封存了起來。同時要求兵工廠繼續對槍支性能進行改進。
  當督政府以路易十六的名義執政時，保王黨內部就開始發生分裂了，一部分流亡者認為應該響應國王的號召，放下武器回國向新憲法宣誓服從。
  而以阿圖瓦伯爵為首的強硬派，則認為路易十六執政不過是督政府的幌子，這是對保王黨人的欺騙。他們表示，法國不恢復到1789年之前的君主制度，就絕不放下武器。以普羅旺斯伯爵為代表的一部分流亡者則還在觀望。
  在路易.查理的建議下，督政府決定向反法同盟提出和平談判。但是普魯士、奧地利因為被法國軍隊佔了土地，因此表示絕不停戰，西班牙搖擺不定，而英國繼續以模棱兩可的態度敷衍法國人。
  至此，督政府認為和平談判的希望已經破滅。只有取得對反法同盟的重大勝利才有和平的可能，因此命令拿破侖的意大利方面軍執行卡爾諾解放意大利的計劃。
  進入1796年後，法蘭西日報開始連續刊登，批評西班牙、普魯士、奧地利、英國人對法蘭西王國的各種不懷好意的舉動，和他們拒絕和共和國和平共處的行為。在勞動黨的組織帶領下，各地的工會開始上街遊行表示支持督政府發動對反法同盟的反擊戰。
  1796年3月，路易.查理代表督政府在兩院發表了演講，他歷歷數出自1789年至今，歐洲反法同盟對法國的大小戰爭，和反法同盟各國宮廷對本國人民的殘暴統治後。
  路易.查理最後總結道，反法同盟可以開啟戰爭，但是結束這場戰爭的必將是勝利者法國人民。從比利牛斯山到阿爾卑斯山，從萊茵河到多瑙河，只要哪裡還有被壓迫的人民，共和國就絕不停止戰鬥。路易.查理的演講不但獲得了兩院的支持，法國人民的支持，也贏得了各國人民中一些共和分子的支持。
  3月中旬，貝西埃爾帶著第三近衛師和允許拿破侖在意大利方面自由行動的命令，向意大利方面軍駐地出發了。此時的意大利方面軍經過後勤補給和拿破侖到任後的整編改造後，已經煥然一新。
  拿破侖對路易.查理派遣第三近衛師來支援自己，感到高興和疑惑。因為路易.查理給拿破侖的命令中，寫明了拿破侖可以命令這支部隊，但不能指揮它如何作戰。
  為此拿破侖特意寫信向路易.查理抱怨，路易.查理雖然好言安撫，但依舊不同意拿破侖取得第三近衛師的全權指揮權。貝爾蒂埃知道後詢問為什麽，拿破侖在軍隊指揮上很有天賦，不會葬送第三近衛師的。
  路易.查理笑而不語，拿破侖的指揮能力當然無可挑剔，但是就因為拿破侖的能力實在太強了，所以他不能給與拿破侖全權指揮第三近衛師的命令。
  他送第三近衛師是去意大利戰場刷經驗的，不是給拿破侖當班底的。路易.查理不希望當拿破侖取得意大利戰役的輝煌後，第三近衛師就變成拿破侖的近衛師了。
  同樣的，意大利方面軍也對剛來到的第三近衛師官兵非常看不慣。這隻軍隊從裡到外都和他們太不一樣了，武器不同先不說，連軍服都不一樣，到不是近衛第三師的軍服太華麗，而是太過樸素，一點都不如意大利方面軍軍服的色彩豔麗，但是近衛師軍服的料子卻比他們的軍服使用的料子好太多了。
  近衛師的軍服是路易.查理根據二戰德軍製服的樣子做出來的，雖然剛開始有很多士兵反對，但是在路易.查理的威脅利誘之下，近衛師的官兵還是接受了，穿久了也習慣了，因為現代軍服穿著簡單，而且樸素的顏色不容易在戰場上被發現。
  意大利方面軍最嫉妒的一點，是近衛師不但連士兵都識字，而且一個個都很有錢。因此在軍隊駐地附近，近衛師官兵成了女孩們最受歡迎的軍人。
  意大利方面軍因此常常稱近衛師為巴黎來的娘娘腔，近衛師也不甘示弱，稱意大利方面軍為南方的鄉巴佬。兩隻部隊還沒上戰場，已經在私下裡打了好幾架了。這方面繆拉少校居功至偉，他還沒忘記在巴黎被近衛師關了幾個月的仇，仗著自己早來了幾個月，和意大利方面軍的官兵比較熟悉，在酒吧挑釁了好幾次近衛師官兵。
  在事態發展的更嚴重之前，貝西埃爾向拿破侖匯報了這件事。拿破侖此時剛接到路易.查理拒絕自己全權指揮近衛師的信件，於是他下令關了繆拉少校禁閉，同時命令第三近衛師和意大利方面軍分開駐扎，並讓第三近衛師擔任後勤和總預備隊。
  1796年4月，拿破侖開始向熱那亞進軍了。
  勒貝爾、卡爾諾、弗勒塞爾、費拉斯、路易.查理五人坐在盧森堡宮內的一間會議室，這間會議室足可容納4、50人開會，但是現在在長方形的會議桌前隻零星坐著5個人。
  路易.查理坐在會議桌的北側，他的左手邊坐著費拉斯、右手邊坐著弗勒塞爾。卡爾諾坐在他的正對面，勒貝爾坐著卡爾諾的右側，他們之間隔著一個座位。
  “.那些駐扎在西部平叛的陸軍，他們中的一些軍官簡直比叛軍還可惡。這些軍官抓住叛軍的眷屬，就問他們索取錢財，拿不出錢的就會被他們以反叛者的名義槍決，然後當做戰績向上邀功。
  他們所經過的村子，都會有女性被侮辱，年紀從10-40多歲不等。他們還向經過的村子征收平息叛亂的捐稅。因為軍隊中有這些敗類，導致原先暴亂已經平息下去的地區，現在又開始零星爆發暴亂了。
  最可恨的是，他們還常常脫下軍服打劫道路上的商人，商業聯盟這個月往西部地區運輸物資的車隊已經被打劫了7次了”弗勒塞爾滔滔不絕的指責管理陸軍的卡爾諾執政官。
  “我已經盡了最大努力，軍隊中的這種陋習並不是今天才出現的，我不可能一下子就解決掉這種軍中的陋習。”卡爾諾為自己辯解道。
  “那麽，卡爾諾執政官閣下，能說說您是怎麽盡最大努力的嗎？”路易.查理打斷了卡爾諾的辯解。
  “我已經以督政府的名義申斥了西部法軍的指揮官奧什將軍。而且，我還要求貝爾蒂埃將軍派遣一個特派員去奧什將軍的軍中監督調查這些事件。”
  聽完了卡爾諾的解釋後，路易.查理嚴肅的說道：“執政官閣下，您的處理方式太過於軟弱了。一隻不受軍紀約束的軍隊，是沒有必要繼續存在於法國的陸軍序列裡的。”
  卡爾諾有些發愣的時候，一直冷眼旁觀的勒貝爾忽然說道：“那麽首席執政官的意思是什麽呢？”
  “裁軍，今天的法國軍隊雖然數量龐大，但是能夠打仗的卻不多。有很多部隊根本就是在混日子，他們對作戰毫無興趣，對搜刮財富和敲詐地方政府倒是很有一套。”
  路易.查理停頓了下，見沒人打斷自己，繼續說道：“我們只需要保留精幹部隊，那些軍痞、土匪統統讓他們退役。一方面可以提高部隊的戰鬥力，另一方面也能減輕陸軍後勤部門的物資供應壓力。同時完善軍隊中的憲兵制度，把憲兵獨立出來，專門負責對軍隊風紀的管理。”
  費拉斯第一時間出聲支持路易.查理，弗勒塞爾馬上就跟上來。勒貝爾只是猶豫了了很短的時間，就站到了路易.查理這邊，卡爾諾見自己獨木難支，也同意了路易.查理的提議。
  督政府隨後下令，奧什將軍調往比利牛斯山軍團，蒙日將軍調往布列塔尼亞軍團。在兩位將軍對調之際，督政府把近衛師的憲兵制度、軍事法庭制度、參謀制度在兩隻軍團中建立了起來。同時裁撤了好些戰鬥力低下的軍隊，還有一大批軍紀敗壞的士兵和軍官被強製性退役，重新補充了聖西爾軍校的士官生和勞動黨員。
  進入96年後，督政府對軍製進行第二次改革，把軍隊分為野戰軍、常規部隊、預備役三部分。各方面軍均劃入野戰軍級別，待遇高於常規部隊，但其後勤和兵員補充歸於各軍區和陸軍總後勤部門、總參謀部負責。
  常規部隊則是從野戰軍被淘汰下來的軍隊和國民自衛軍改組的武警部隊組成，負責守衛和保護地方治安。預備役則是負責管理退役官兵的組織，負責這些退役官兵的維持性訓練，和向普通民眾、學校提供基本軍事訓練。
  陸軍總參謀部和各軍區參謀部開始對接，非戰時任何個人不得越過參謀部指揮軍隊。總後勤部和軍區後勤部門的建立，降低了物質的損耗，提高了軍隊的效率，也統一了各軍區的武器、彈藥、製服的規格。
  多次調整軍製後，督政府對軍隊的控制得到了加強，現在革命時期所說的，軍隊屬於國家已經不再是一句口號，而是得到了制度的保證。